רצף ה- DNA תלוי גם ביכולתנו להשתמש בג'ל אלקטרופורזה כדי להפריד בין גדילי דנ"א הנבדלים בגודל של זוג אחד בלבד.
רצף דנ"א
בסוף שנות ה -70, הומצאו שתי שיטות ריצוף DNA עבור מולקולות דנ"א ארוכות יותר. אלה היו שיטת סנגר (או דיידוקסי) ושיטת מקס-גילברט (כימיקל כימי). שיטת Maxam-Gilbert מבוססת על מחשוף של נוקליאוטידים ספציפיים על ידי חומרים כימיים, והוא משמש בצורה הטובה ביותר לרצף אוליגונוקליוטידים (פולימרים נוקליאוטידים קצרים, בדרך כלל קטנים מ -50 זוגות בסיס). השיטה סנגר הוא נפוץ יותר כי זה הוכח מבחינה טכנית קל יותר ליישם, ועם כניסתו של PCR ואוטומציה של הטכניקה, מוחל בקלות על גדילים ארוכים של DNA כולל כמה גנים. טכניקה זו מבוססת על סיום שרשרת ידי dideoxynototides במהלך התגובות PCR התארכות.
שיטת סנגר
בשיטת סנגר, גדיל ה- DNA כדי לנתח משמש כתבנית ו פולימראז DNA משמש, בתגובת ה- PCR, כדי ליצור גדילים חינם באמצעות primers.
ארבעה תערובות תגובה שונות PCR מוכנים, שכל אחד מהם מכיל אחוז מסוים של אנלוגים dideoxynosideide (ddNTP) אנלוגים לאחד מארבע נוקליאוטידים (ATP, CTP, GTP או TTP). סינתזה של גדיל ה- DNA החדש נמשך עד שאחד האנלוגים האלה משולב, ובאותו זמן גדיל הוא חתך בטרם עת.
כל תגובה PCR בסופו של דבר מכילה תערובת של אורכים שונים של גדילי דנ"א, כל הסוף עם נוקלאוטיד זה היה dideoxy שכותרתו עבור תגובה זו. ג'ל אלקטרופורזה משמש אז כדי להפריד את הגדילים של ארבע התגובות, בארבעת נתיבים נפרדים, ולקבוע את הרצף של התבנית המקורית על סמך מה אורך של גדילים בסופו של דבר עם מה נוקליאוטידים.
בתגובה אוטומטית סנגר, primers משמשים כי הם מתויגים עם ארבעה תוויות ניאון צבעוניים שונים. תגובות PCR, בנוכחות של נוקליאוטידים dideoxy שונים, מתבצע כמתואר לעיל. עם זאת, הבא, ארבע תערובות התגובה משולבים ואז להחיל על נתיב אחד של ג'ל. הצבע של כל קטע מזוהה באמצעות קרן לייזר והמידע נאסף על ידי מחשב אשר מייצר chromatograms מראה פסגות עבור כל צבע, שממנו רצף DNA תבנית ניתן לקבוע.
בדרך כלל, שיטת ריצוף אוטומטי הוא רק מדויק עבור רצפים עד למקסימום של כ-700-800 זוגות באורך. עם זאת, ניתן להשיג רצפים מלאים של גנים גדולים יותר, למעשה, גנומים שלמים, תוך שימוש בשיטות צעד חכם כגון הליכה פריימר ורצף רובה.
בשנת הליכה פריימר , חלק מעשי של גן גדול יותר הוא רצף בשיטת סנגר. פריימרים חדשים נוצרים מתוך קטע אמין של רצף ומשמש להמשיך רצף את החלק של הגן כי היה מחוץ לטווח של התגובות המקוריות.
רובה ציד רצף כרוך באופן אקראי חיתוך קטע ה- DNA של עניין לתוך שברי בגודל מתאים יותר (לניהול), רצף כל קטע, וסידור החלקים על בסיס רצף חופפים. טכניקה זו נעשתה קלה יותר על ידי יישום של תוכנת מחשב לסידור חתיכות חופפות.