עם זאת, חקלאות ימית מהווה בעיות ודאגות כי צריך לטפל, במיוחד אם אחד הוא שוקל להיות מעורבים בתעשייה
בעיות שונות, כי חקלאות ימית
להלן חמש בעיות נפוצות הקשורות עם חקלאות ימית.
הסביבה: כמו אקווריום ענק, חוות דגים מבוססות קרקע חיות בטנקים המכילים מים מלוכלכים שיש לשנותם. בהתאם להגדרת המערכת, הדבר עלול לגרום לפליטה של כמויות משמעותיות של שפכים המכילים צואה, חומרים מזינים וכימיקלים המשתחררים לסביבה. שחרורו של חומר זה עלול לגרום לפריחת אצות אשר בסופו של דבר להסיר חמצן מומס בנתיב מקבל, או eutropication. תכולת חמצן אפס תוצאות הורג קטלני דגים.
בנוסף, כימיקלים כגון אנטיביוטיקה וסוכני טיפול במים משמשים בדרך כלל בתעשיית המדגה ומערכות החקלאות צריך להיות סגור, או שפכים שטופלו לפני השחרור.
מחלות: פעולות חקלאות ימית יכולות להפיץ טפילים ומחלות בטבע. בדיוק כמו לולים עוף מסחרי חייב להישמר נקי ידועים לשמצה על התפשטות המחלה, דגים מעובדים רכיכות כפופים לאותן נסיבות.
כמו כן, דגים מעובדים יש סיכוי מוגבר לקבל טפילים כגון כינים הים, לעומת דגים שחיים ומתרבים בסביבה הטבעית שלהם.
דגים מושקעים נחשפים גם למחלות באמצעות שימוש בדגים לא מעובדים המשמשים כמקור מזון, לעומת כדורי דגים מעובדים בטוחים יותר.
בריחה: חקלאות ימית היא אחת הסיבות הגדולות להתרחשותם של מינים זרים שהוכנסו לאזורים חדשים, היוצרים מינים פולשניים בתנאים הנכונים.
דגים מוקפאים יכולים להימלט מן העטים שלהם, פגיעה הן בסביבה מאיימת אוכלוסיות דגים ילידים.
כתוצאה מכך, דג החווה נמלט יכול להתחרות על מזון ובתי גידול, לעקור מינים מקומיים ולהפריע לחיים של מיני בר. הם יכולים גם לשאת מחלות וטפילים שעלולים להרוג מינים מקומיים. בנוסף, דג החווה נמלט מסוגלים להתרבות עם מלאי פראי אשר יכול לדלל את הבריכה הגן הטבעי ולאיים על הישרדות ארוכת טווח של האבולוציה של מיני בר.
השפעות משניות: מכיוון שדגים מעובדים זקוקים למקור מזון, מינים אחרים של בר נמצאים בסיכון על היותם מוגזמים יתר על המידה לייצור מזון דגים. כי דגים מעובדים ביותר הם טורפים, הם מוזנים גם דגים שלמים או כדורי עשוי מדגים. מינים כגון מקרל, הרינג וויטינג מאוימים בגלל הצורך ליצור מזון עבור מינים מעובדים.
משפיע על הבניה: הן חיות בר יבשתי והן ימיים יכולים לאבד את בתי הגידול שלהם באמצעות בניית מתקני חקלאות ימית לאורך החוף, שם ניתן לגשת אל המים הנקיים והטבעיים לתהליכים שלה. בדוגמה אחת מפורסמת, באסיה ובאמריקה הלטינית, יערות המנגרובים פונו כדי לפנות מקום לחוות שרימפס.